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 　　在許多農(nóng)區(qū)，地下水受合成肥料和農(nóng)藥污染是一大問題。有機(jī)農(nóng)業(yè)禁止使用合成肥料和農(nóng)藥，代之以有機(jī)肥料(如堆肥、家畜糞便、綠肥)和利用生物多樣性(栽培的品種和長(zhǎng)期植被)，改善了土壤結(jié)構(gòu)和水的滲透。

　　管理良好的有機(jī)農(nóng)業(yè)保持養(yǎng)分的能力增強(qiáng)，大大減少了地下水被污染的風(fēng)險(xiǎn)。在一些污染嚴(yán)重的地區(qū)，政府(如法國(guó)和德國(guó)政府)大力鼓勵(lì)轉(zhuǎn)向有機(jī)農(nóng)業(yè)，認(rèn)為這是一項(xiàng)恢復(fù)措施。

　　有機(jī)農(nóng)業(yè)通過減少對(duì)農(nóng)業(yè)化學(xué)品的需求，降低了非再生能源的使用(農(nóng)業(yè)化學(xué)品的生產(chǎn)需要大量礦物燃料)。有機(jī)農(nóng)業(yè)能夠把碳截留在土壤中，幫助了減輕溫室效應(yīng)和全球變暖。

　　有機(jī)農(nóng)業(yè)使用的許多管理方法(如少耕制、秸桿還田、種植覆蓋作物、輪作、更多地結(jié)合種植固氮豆科作物)使更多的碳返回土壤，提高生產(chǎn)率和有助于碳儲(chǔ)存。

　　有機(jī)農(nóng)民是各級(jí)生物多樣性的保管者和使用者。在基因一級(jí)，傳統(tǒng)和改良種子和品種因抵御病害和惡劣氣候能力強(qiáng)而受歡迎。在品種一級(jí)，動(dòng)植物的不同組合優(yōu)化了農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的養(yǎng)分和能量的循環(huán)利用。

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